Przodkami konia berberyjskiego były konie wywodzące się ze starożytności zwane końmi typu I, . Koń ten był rozpowrzechniony w Afryce gdy w 700 r. dotarły do niej konie arabskie i od tego czasu rasy te ciągle się krzyżowały. Podczas podboju Hiszpanii przez Maurów liczne konie berberyjskie zasiliły hodowlę iberyjską. Ogierów tej rasy używano w późniejszym czasie w całej Europie. Obecnie czystych koni berberyjskich już się prawie nie spotyka, chociaż podjęto próby zachowania resztek populacji w tym celu założono w 1988 r Światową Organizację Konia Berberyjskiego (OMCB)