Rasa ta pochodzi z miejscowości Hafling (Avelengo) w pobliżu Bolzano w południowym Tyrolu. Jest także hodowana w Austrii, Włoszech i coraz częściej innych krajach Europejskich. Haflinger jest bardzo starą rasą, ale ustalenie jego przodków nie jest łatwe. Prawdopodobnie Ludwik IV, zwany Bawarskim, wracając od Austrii w 1342rr pozostawił grupę koni pochodzących z jego armii w pobliżu Mediolanu ( skąd powędrowały dalej Hafling). Były to małe, mocne konie, a jeden z nich, ogier czołowy pochodził z Francji. Inna historia głosi że Ludwik IV podarował te konie swojemu synowi z okazji jego ślubu z księżniczką tyrolską. Jeszcze inna teoria mówi, że haflinger pochodzi od dziś już wymarłęgo konia górskiego. Mówi się także że Ostrogoci pozostawili swoje orientalne konie w tyrolskch dolinach po przegranej w bizantyjskim wojskiem pod Conzą (555r) Pierwsze wiarygodne źródło wspomina o ogierze arabskim El Bedavim ( 1817) po którym w piątej generacji urodził się w 1868r ogier El Badavi. Ten spłodził z miejscową klaczą o której nic więcej nie wiadomo, właściwego założyciela rasy : ogiera Foliego 249. Zapewne trwały wpływ na haflingera wywarł także rodzimy zimnokrwisty koń norycki.