Rasa pochodzi od tarantowatej klaczy hiszpańskiej imieniem Flaebehoppen, bardzo wygodnej, wytrzymałej i szybkiej. W 1808r została ona pokryta izabelowatym koniem fryderyksborskim. Wydała na świat ogierka Flaebera, który odziedziczył umaszczenie po matce, ale o nieco innym odcieniu. Jego syn Mikkel, siostrzeniec Flaebehoppen, jest uznawany za założyciela rasy. Powstała rasa bardzo mocnych koni, których budowa predestynuje do użytkowania pociągowego, o przyjemnych chodach i wspaniałym charakterze. Kolejne nieprzemyślane krzyżowania, mające na celu zwiększenie różnorodności umaszczenia, spowodowały zmiany w budowie, obecnie knabstrup jest bardzo podobny do konia appalosa.