Rasa ta została utworzona przez pierwszych osadników znad Missouri, krzyżowano ogiery morgan i pełnej krwi angielskiej z klaczami wywodzącymi się od koni berberyjskich. Zwierzęta tej rasy są dobrze zbudowane i mogą nosić duże ciężary. Missouri Fox Trotter były hodowane, by pokonywać dalekie trasy w sposób jak najmniej męczący dla jeźdźca. Ich charakterystyczną cecha jest rodzaj chodu, nazywany fox trotem, w którym koń nie tracąc rytmu kroczy przednimi kończynami stępem a tył porusza się kłusem.