W ok 1000 r w dolinie Rott powstała rodzima odmiania konia bawarskiego (koń rottalski) mająca roboczy i ciężki wygląd, zadowalający się niskobiałkową paszą. Po II wojnie światowej konie bawarskie zostały przekształcone w nowoczesne konie sportowe. Początkowo zmiana ta była oparta o użycie do ich uszlachetnienia koni hodowli hiszpańskiej, węgierskiej i północnoniemieckiej do celów wojskowych i dworskich. W późniejszym czasie zaczęto używać ogierów ras z innych terenów w tym koni holsztyńskich i hanowerskich które ostatecznie przyczyniły się do intensywnej hodowli koni bawarskich. Współcześnie konie te eksterierowo podobne są do koni hanowerskich. Podobnie jak w przypadku koni badeńsko-wirtemberskich Związek Hodowców Koni wprowadza do hodowli wyłącznie konie rasy bawarskiej odnoszące sukcesy w sporcie.