Na temat pochodzenia sanfratellano krążą różne opowieści i legendy. Konie sanfratellano do dziś żyją w lasach Miraglii. Sanfratellano mógł powstać w wyniku krzyżowania maremmano z końmi orientalnymi. Nie ulega jednak wątpliwości że przez stulecia rasa ta podlegała rozmaitym wpływom, głównie oddziaływały na nią konie orientalne, angloaraby, maremmano i salerneńskie.