Początki koni trakeńskich sięgają trzynastowiecznych Prus Wschodnich. Zakon krzyżacki zakładał tam liczne stadniny, gdzie krzyżowano wschodniopruskie konie robocze z końmi orientalnymi, arabskimi. W rezultacie powstał mocny koń, który znajdował rozmaite zastosowania w rolnictwie. Koń trakeński stał się również oficjalnym koniem armii pruskiej i wzbudzał podziw elegancją. Tradycyjnym znakiem koni trakeńskich jest palenie w kształcie podwójnych łopat łosia.